## Instala R y Rstudio (Posit Cloud)
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## Correr codigo en Rmarkdown
En cada seccion vas a encontrar texto y codigo. El codigo esta agregado entre entre tres acentos al reves y empieza con las llaves {r echo=TRUE}. Junto a esa linea vas a ver una flecha verde. Esa flecha ejecuta el codigo. Los archivos .Rmd son una herramienta muy util para reproducir el codigo. Son una combinacion de texto con codigo ejecutable y nos permiten crear un documento de manera eficiente donde todos los datos se pueden manejar.
## Lee el arbol y la filogenia
Los datos que vas a leer son datos de la polinizacion de Thalictrum con una filogenia de 103 especies. Vamos a generar el modelo de Markov y su estimacion utilizando los paquetes mas populares de R .
Por favor installa los siguientes paquetes (ejecuta con la flecha verde)
```{r echo=TRUE}
install.packages("ape")
install.packages("geiger")
install.packages("corHMM")
```
Y cargalos para poder empezar a analizar datos
```{r echo=TRUE}
#Libraries required
library(ape)
library(geiger)
library(corHMM)
```
## Lectura de los datos
Lo primero es saber donde tenemos guardamos nuestros archivos. Yo por ejemplo los tengo en este folder `~/Workshops/sureste2024`. La funcion `setwd()` nos ayuda a marcar el folder donde estaremos trabajando.
```{r echo=TRUE}
## Read the data
setwd("~/Workshops/sureste2024")
pollination_tree<-read.tree("poliniza_arbol.tre")
pollination_data<-read.csv("poliniza_datos.csv", header=TRUE)
head(pollination_data)
```